A Tener en cuenta los subtilulos son flotantes asi que podemos tener los dos subtitulos tranquilamente los que pegamos y el archivito tambien. En el reproductor los cambias apretando el boton de Subtitulos.
La primera imagen que aparece es esta. yo la tengo configurada asi, luego click en siguiente

Aca hacemos click en + para agregar el video, si el subtitulo tiene el mismo nombre que el video se carga solo. luego siguente y listo

Nos va a crear un archivo de video con la extension de Xsub lo renombramos a Avi y ya tenemos la version con subtitulos flotantes, recomiendo no borrar el archivo de subtitulos y tener las dos versiones.
Código:
http://www.megaupload.com/?d=35DJ51C2
ó
http://hotfile.com/dl/106375710/19cb94a/XSUBMuxer_%28Pega_Subtitulos%29.rar.html