HDD 1: IDE, 160 GB, particiones de todos los colores (2 NTFS, 2 ext4 y la swap de linux)
HDD 2: SATA, 1 TB, originalmente NTFS, ahora ext4, ninguna partición.

Empiezo desde el principio porque tal vez pueda dar una pista de qué pueda haber pasado.

Como me quedó chico el C (en HDD 1), donde solamente tenía a win7 x64, no podía ni actualizar el antivirus. Así que con el gestor de discos INTEGRADO EN WINDOWS, aumenté el tamaño de esa unidad, y reduje la otra NTFS, previo traslado de su contenido a una carpeta en HDD 2.
Cuando reinicié la PC, descubrí con horror que HDD 2 había desaparecido!!!! Sí! El de un tera al que NO LE HABIA HECHO NADA!!!!
Luego de esto, tanto windows como linux (mint 15 x64) tardaban MEDIA HORA cada uno en iniciarse (posta!) Desde linux tampoco podía ver el disco.
Probé con testdisk desde los dos, nada. Veía el disco y no podía acceder a lo que había en él.
Me metí con una live de kubuntu y se me ocurrió hacerle sudo fsck a HDD 2, con tanto tarro que cuando la reinicié windows cargó en un pedo, y el dichoso disco apareció! El tema era que no tenía permisos para acceder a nada, y el disco estaba protegido contra escritura.
Intenté lo que se les ocurra. Modificar entradas del registro, cambiarle los permisos desde linux..... Nada resultó.
En una se me ocurrió conectar un extraíble de 1 TB y, desde linux (kubuntu 13.04 x64, en el medio de todo este bardo cambié de linux xD) copié al extraíble lo que había en HDD 2. Cuando estuvo en el extraíble, logré cambiarle los permisos a los archivos.
Me volví a meter en windows. Un par de reinicios después, comprobé que con ext2fs podía ver las particiones ext4 de HDD 1, y también escribir en ellas. Así que me mandé con gparted, y FORMATEE HDD 2, en ext4.
Luego de hacer todo lo necesario para que me la detectara con ext2fs, incluyendo por supuesto activar la posibilidad de escribir en el disco, reinicio ooooooooooootra vez la pc.... Y SIGUE SIN DEJARME ESCRIBIR!!!!!!!!!!!! Cuando voy a ver qué onda en ext2fs, me aparece ACTIVADA la protección contra escritura, aunque la desactive una y otra vez, con mi usuario, con el administrador.....
Lo gracioso es que desde linux SI PUDE volver a meter en HDD 2 los archivos.....
Estoy usando linux porque el disco acá sí anda. Pero necesito saber qué corno le pasa a windows que no me quiere dejar escribir en el disco, y cómo lo vuelvo a entrabicuadrillar......

Hubiera leido primero la última línea para darme cuenta que no te podía ayudar y me ahorraba leer todo el texto

En fin, buena suerte con winchot.

Lo único que no entendí es, en qué formato quedó el HDD2? En ext4?

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Sí, en ext4. Pero ni a través de la configuración de ext2fs puedo lograr que windows me deje escribir en él, cuando en las particiones ext4 de HDD1, SI me deja escribir.... No cazo un fulbo!!!!!!

Leyendo esto me siento como un neandertal.

Bancá que te cuento cómo LO RESOLVI!!!!!!!
Con los datos adentro del extraíble, FORMATEE los DOS discos, y los particioné con parted magic.
HDD1: Dos particiones NTFS, una ext3 y una astillita de swap para Linux. (basta de particiones lógicas)
HDD2: ext3
Como corresponde, procedí a instalar primero Windows. Y el win nuevo que era OTRO, TAMPOCO me detectaba el disco T_T
Aunque estaba en el OTRO disco, no quedó bien instalado.
Me pudrí, apagué la PC, y la abrí.
Mirando las conexiones, noté que había un par de cables no relacionados con el benedicto HDD2, que estaban flojos, o directamente desconectados. Se ve que al poner o sacar algo, los habré movido sin darme cuenta. (Por eso no funcionaba el lector de tarjetas xD)
Cuando miro el cable SATA que conectaba el disco al mother, era más malo que el profesor Neurus! Ni siquiera tenía la traba metálica que lo asegura para que no se afloje! Aunque fui yo la que puso el disco, no me acordaba de que era TAN malo el cable!
De pepe (o tal vez ya sabía que ese cable era re percha) tenía en un cajón una bolsita sellada con un cable SATA nuevo.
Le cambié el cable, y por las dudas lo conecté en otra entrada SATA del mother.
Armé todo, y maravilla de las maravillas, Windows me detectaba el disco, con ext2fsd me dejaba ESCRIBIR, y cuando la reiniciaba (cosa que sucedió muy seguido como de costumbre en Windows) la posibilidad de escribir en el disco PERSISTIA, cuando antes de cambiar el cable al reiniciarla volvía a estar visible como de sólo lectura! Además, el Windows loco que le puse (es como un win UE pero 7 x64) cargaba en un flato!
Después de eso logré instalar sin problemas Kubuntu, todo anduvo de maravilla. Y aunque tengo Windows del otro lado, estoy en Kubuntu porque allá tengo que volver a instalar todos los programas que acá con el gestor de paquetes y la terminal instalé en bloque en una patada....
Igual todo este bolonki me sirvió, porque la instalación nueva de Kubuntu tiene a HDD2 montado como /home, cuando antes tenía que montarla luego de iniciar por tener cagazo de meter mano en el fstab DDDDD